کتاب Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

توضیحات

امروزه دانشمندان علوم زیستی نیاز مبرمی به آموزش مهارت‌های بیوانفورماتیک دارند. بسیاری از برنامه‌های بیوانفورماتیک معمولاً توسط دانش‌آموزان و محققانی که هرگز مهارتهای برنامه‌نویسی اولیه را نیاموخت‌هاند، ضعیف نوشته شده‌اند و به سختی نگهداری می‌شوند. این راهنمای عملی به متخصصان و دانشجویان بیوانفورماتیک پسا دکتری نشان می‌دهد که چگونه از بهترین بخش‌های پایتون برای حل مشکلات زیست‌شناسی در حین ایجاد نرم‌افزار مستند، آزمایش‌شده و قابل تکرار استفاده کنند.

کن یونز کلارک، نویسنده پروژه‌های کوچک پایتون (Manning)، نه تنها نحوه نوشتن کد پایتون موثر، بلکه نحوه استفاده از تست‌ها برای نوشتن و بازسازی برنامه‌های علمی را نیز نشان می‌دهد. شما جدیدترین ویژگی‌ها و ابزارهای پایتون از جمله لینترها، فرمت‌کننده‌ها، بررسی‌کننده‌های نوع و تست‌هایی را برای ایجاد برنامه‌های مستند و آزمایش‌شده یاد خواهید گرفت. شما همچنین با ۱۴ چالش در Rosalind، یک پلتفرم حل مسئله برای یادگیری بیوانفورماتیک و برنامه‌نویسی، مقابله خواهید کرد. در این کتاب یاد خواهید گرفت:

• برنامه‌های پایتون خط فرمان را برای مستندسازی و اعتبارسنجی پارامترها ایجاد کنید.
• تست‌هایی برای تایید برنامه‌های Refactor و تأیید صحت آنها بنویسید.
• با استفاده از ساختارهای داده پایتون و ماژول‌هایی مانند Biopython، به ایده‌های بیوانفورماتیک رسیدگی کنید.
• میانبرها و گردش‌های کاری قابل تکرار با استفاده از فایل‌های makefiles ایجاد کنید.
• قالبهای فایل ضروری بیوانفورماتیک مانند FASTA و FASTQ را تجزیه کنید.
• الگوهای متن را با استفاده از عبارات منظم پیدا کنید.
• از توابع مرتبه بالاتر در پایتون مانند filter()، map() و reduce() استفاده کنید.